Среди обвинений — хищение средств, выделенных на монастырские проекты, а также грубое нарушение монашеских обетов.
По данным следствия, настоятель длительное время поддерживал незаконные связи с женщинами, что привело к рождению внебрачного ребёнка.
В настоящее время дело Ши Юнсина рассматривается межведомственной следственной группой.